Во исполнение постановления Правительства Российской Федерации от 4 июля 2006 года № 414 «О мерах по обеспечению деятельности Федерального агентства по рыболовству», приказа Минсельхоза России от 16.11.2006 №  420 «Об утверждении схемы размещения территориальных органов Федерального агентства по рыболовству» и в соответствии  с приказом Федерального агентства по рыболовству от 27 ноября 2006 года № 370 «О создании территориальных органов Росрыболовства»  создано Баренцево-Беломорское территориальное управление Росрыболовства (далее – Управление) с утвержденной штатной численностью 52 единицы, расположенное по адресу: г.Мурманск, ул.Коминтерна, дом 7. Управление зарегистрировано  в Едином государственном реестре юридических лиц и поставлено  на учет в инспекции Федеральной налоговой службы России по г.Мурманску 12 марта 2007 года. Управление является государственным органом, находящимся в подчинении Федерального агентства по рыболовству. Полномочия и организация деятельности Управления со дня его образования осуществлялись согласно Временного положения о Баренцево-Беломорском территориальном управлении Росрыболовства, утвержденного  приказом ФАР от 15.02.2007 г. № 40.

Управление возглавил  Балашов Валентин Валентинович, назначенный приказом  Федерального агентства по рыболовству от 07 декабря 2006 года №  612-л  и приступивший к исполнению обязанностей с 31 марта 2007 года.

02 апреля 2007 года были приняты на государственную гражданскую службу и назначены на государственные должности первые сотрудники.

28 апреля 2007 г. приказом ФАР № 186 утверждено положением о Баренцево-Беломорском территориальном управлении Росрыболовства, в соответствии с которым Управление является территориальным органом Росрыболовства и создано для осуществления функция по оказанию государственных услуг, управлению государственным имуществом в сфере  рыбохозяйственной деятельности, рационального использования, изучения, сохранения и воспроизводства водных биоресурсов (далее  ВБР) и среды их обитания, а также производственной деятельности в морских портах в части комплексного обслуживания судов рыбопромыслового флота, а также для реализации отдельных установленных законодательными и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации задач и функций Росрыболовства  на  соответствующей территории.

В территорию осуществления полномочий Управления входят: водные объекты рыбохозяйственного значения на территории Мурманской области, включая внутренние воды, прилежащие внутренние морские воды Баренцева и Белого морей, территориальное море, исключительная экономическая зона и континентальный шельф Российской Федерации в Баренцевом море, а также открытые воды Атлантического океана, в том числе зоны действия международных конвенций по рыболовству в Северо-Восточной (НЕАФК) и Северо-Западной (НАФО) Атлантике.

Указом Президента Российской Федерации от 24 сентября 2007 года № 1274 «Вопросы структуры федеральных органов исполнительной власти» Федеральное агентство по рыболовству было преобразовано в Государственный комитет Российской Федерации по рыболовству с передачей ему функций Министерства сельского хозяйства Российской Федерации  в сфере рыболовства, производственной деятельности на судах рыбопромыслового флота, изучения, сохранения, воспроизводства и использования ВБР, а также функции  Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору в сфере контроля и надзора за ВБР и средой их обитания.

12 февраля 2008 года приказом № 103 Государственного комитета РФ по рыболовству утверждено Положение о Баренцево-Беломорском территориальном управлении Государственного комитета Российской Федерации по рыболовству, в связи с чем прежнее  утратило силу. С этого периода времени Управление осуществляет функции  по контролю и надзору за ВБР и средой их обитания во внутренних водах РФ, за исключением внутренних морских вод РФ, по оказанию государственных услуг, управлению государственным имуществом в сфере рыбохозяйственной деятельности, рационального использования, охраны, изучения, сохранении я и воспроизводства ВБР и среды их обитания, а также рыбоводства (за исключением промышленного рыбоводства), рыбопереработки, обеспечения безопасности мореплавания и аварийно-спасательных работ в районах промысла, производственной деятельности на судах рыбопромыслового флота и в морских портах в части, касающейся обслуживания судов рыбопромыслового флота.

Приказом Госкомрыболовства России от 04 февраля 2008 года № 55 Баренцево-Беломорское территориальное управление Росрыболовства было преобразовано в Баренцево-Беломорское территориальное управление Государственного комитета Российской Федерации по рыболовству с предельной штатной численностью 130 единиц.

3 марта 2008 года инспекцией Федеральной налоговой службы по городу Мурманску внесены изменения в Единый государственный реестр юридических лиц.

В соответствии с Указом  Президента Российской Федерации от 12.05.2008 г.        № 724 «Вопросы системы и структуры федеральных органов исполнительной власти» Государственный комитет Российской Федерации по рыболовству был преобразован в Федеральное агентство по рыболовству с подчиненностью Министерству сельского хозяйства. Соответственно Баренцево-Беломорское территориальное управление Государственного комитета Российской Федерации по рыболовству преобразовано в Баренцево-Беломорское территориальное управление Федерального агентства по рыболовству со штатной численностью 130 единиц в соответствии с приказом Федерального агентства по рыболовству от 19 декабря 2008 года № 429 и 13 января 2009 года  инспекцией Федеральной налоговой службы по городу Мурманску внесены изменения в Единый государственный реестр юридических лиц.

24 декабря 2008  года приказом Федерального агентства по рыболовству  № 455 утверждено Положение  о Баренцево-Беломорском территориальном управлении Федерального агентства по рыболовству, в связи с чем ранее действовавшее утратило силу.

Приказом Федерального агентства по рыболовству от 13 января 2009 года № 3  внесено изменение в приказ ФАР от 19 декабря 2008 г. № 429 в части, касающейся  предельной штатной численности. 30 марта 2009 года руководителем   Баренцево-Беломорского территориального управления Федерального агентства по рыболовству В.В.Балашовым утверждена структура и штат Управления в количестве 191 единицы; 70% от общей численности составляют должности инспекторов рыбоохраны.

Структура Управления  состоит из 18 отделов, из них: 7 отделов расположены в районах Мурманской области – Печенгском, Кандалакшском, Североморском, Кольском, Ловозерском, Апатитском, Ковдорском.

Управление осуществляет свою деятельность в соответствии с законодательством Российской Федерации,  Положением о Федеральном Агентстве по рыболовству и Положением о Баренцево-Беломорском территориальном управлении Федерального агентства по рыболовству.